Главное управление МЧС России по Республике Марий Эл создано 1 января 2005 года в результате проведения административной реформы, разделившей полномочия между федеральными органами исполнительной власти и органами исполнительной власти Республики Марий Эл с целью повышения результативности управленческой деятельности, оптимизации структур управления в центре и на местах.
Деятельность Главного управления направлена на обеспечение развития и совершенствования государственной политики в области гражданской обороны, защиты населения и территорий от чрезвычайных ситуаций природного и техногенного характера, обеспечения пожарной безопасности и безопасности людей на водных объектах.